Αχαιοί πολεμιστές καταλαμβάνουν την ακμάζουσα, φιλειρηνική, αλλά ανοχύρωτη, πόλη της Κνωσσού, αντικαθιστώντας το μητριαρχικό-αναρχικό σύστημα διακυβέρνησης από ένα καθεστώς απολυταρχικό, πολεμοχαρές και πατριαρχικό. Επιβάλλουν τη λατρεία των δικών τους, βίαιων θεών, προκειμένου να εκμηδενίσουν έννοιες όπως "ελεύθερος χρόνος", "απόλαυση", "ελευθερία των ηθών", "ανεμπόδιστη σεξουαλικότητα" κ.λπ. Όμως, με έναν μυστηριώδη τρόπο, η πόλη αποκτά διπλή υπόσταση και συντηρεί κρυφά τα αρχαία έθιμα χάρη στην Ευρώπη, την Πασιφάη και την Αριάδνη, τις τρεις βασίλισσες που διαδέχθηκαν η μία την άλλη στην υπεράσπιση και τη διάσωση των αξιών του πολιτισμού τους.
Ο Πολύιδος, ένας νεαρός ξένος από τους Δελφούς που παριστάνει το μάντη, εμπλέκεται άθελά του στην ανακάλυψη του κρυμμένου μυστικού της Ευρώπης και αναλαμβάνει να σώσει την Κνωσσό από την καταστροφή.
Μια καταιγιστική αλληλουχία επεισοδίων αιχμαλωτίζει τον αναγνώστη από την πρώτη σελίδα τού βιβλίου: ψέματα, απαγωγές, ταξίδια στο χρόνο, δολοφονίες, μετενσαρκώσεις - τα πάντα μπορεί να συμβούν σ' αυτόν το χρόνο μεταξύ μυθολογίας και Ιστορίας μέσα στον οποίο κινείται το μυθιστόρημα του Χαβιέρ Ασπέιτια. Από την απαγωγή της Ευρώπης μέχρι την είσοδο του Θησέα στο Λαβύρινθο, περνώντας από τη γέννηση του Μινώταυρου και το θάνατο του Ίκαρου, "Η Αριάδνη στη Νάξο" αποτελεί μια γοητευτική αλληγορία των αντιφάσεων μιας κουλτούρας που συνηθίζουμε να την ονομάζουμε "δυτική".