Ο Ιωάννης Παπαφλωράτος γεννήθηκε το 1973. Εισήχθη μεταξύ των πρώτων στη Νομική Σχολή Κομοτηνής, το 1992. Κατά τη διάρκεια των σπουδών του, εργάστηκε ως ερευνητής στο Ελληνικό Ίδρυμα Αμυντικής και Εξωτερικής Πολιτικής (ΕΑ.Ι.ΑΜ.Ε.Π.) και η εργασία του υπό τον τίτλο "Οι αποφάσεις των διεθνών οργανισμών επί της Γιουγκοσλαβικής κρίσεως (ΟΗΕ, ΝΑΤΟ, Ευρωπαϊκή Ένωση, Δυτικοευρωπαϊκή Ένωση), 1991 - 1996" (η οποία εκπονήθηκε υπό την επίβλεψη του καθηγητή κ. Ιωάννη Βαληνάκη) εκδόθηκε υπό τη μορφή Background Paper σε 4 τόμους για τις διπλωματικές μας υπηρεσίες. Το 1997, έλαβε το πτυχίο του και την ίδια χρονιά μετέβη στην Ολλανδία για μεταπτυχιακές σπουδές. Το 1998, απέκτησε μεταπτυχιακό τίτλο εξειδίκευσης στις Διεθνείς και Ευρωπαϊκές Σχέσεις από το Amsterdam School of International Relations. Το 1999, ξεκίνησε την εκπόνηση της διεπιστημονικής διδακτορικής διατριβής του υπό την επίβλεψη του καθηγητή και ακαδημαϊκού κ. Κωνσταντίνου Σβολοπούλου. Το 2004, αναγορεύτηκε διδάκτωρ του Πανεπιστημίου Αθηνών με "άριστα". Έχει εργαστεί ως ερευνητής στην Ακαδημία Αθηνών επί διετία και είναι μόνιμος συνεργάτης διαφόρων ιστορικών περιοδικών. Τον Ιανουάριο του 2009, ανεδείχθη τακτικός εταίρος κατόπιν προτάσεως του Διοικητικού Συμβουλίου της "Εταιρείας των Φίλων του Λαού". Το Δεκέμβριο του 2010 του απονεμήθηκε το Βραβείο Ελένης και Πάνου Ψημένου, της Ακαδημίας Αθηνών, με έπαθλο 5000 ευρώ, για το βιβλίο του "Η ελληνοϊταλική κρίση του 1923: Το επεισόδιο Tellini - Κέρκυρας". Σήμερα, διδάσκει στη Σχολή Εθνικής Αμύνης (Σ.ΕΘ.Α.) και το Λαϊκό Πανεπιστήμιο. Έχουν εκδοθεί 5 βιβλία του και έχουν δημοσιευτεί 82 άρθρα του σε εφημερίδες και περιοδικά.