Το πτώμα μιας νεαρής γυναίκας βρίσκεται σε αρχαιολογικό χώρο στο κέντρο της Αθήνας, σαβανωμένο σύμφωνα με τα αρχαιοελληνικά εθιμοτυπικά ταφής. Πάνω στη σορό υπάρχει καρφιτσωμένη μια φωτογραφία με έναν γρίφο που συνδέεται με τα Ελευσίνια Μυστήρια, το περιεχόμενο των οποίων παραμένει για χιλιάδες χρόνια κρυφό, ενώ η αποκάλυψή του τιμωρείται με θάνατο· στο τότε, αλλά και στο τώρα.

Κόρες επιφανών Αθηναίων απάγονται και δολοφονούνται με ειδεχθή τρόπο. Ένας επιστήμονας-φάντασμα ζει και κινείται στις αρχαίες στοές της υπόγειας Αθήνας. Μια μυστική οργάνωση, οι ρίζες της οποίας χάνονται στα βάθη των αιώνων, κάνει τα πάντα για να αποκτήσει τη γνώση –και τη δύναμη– που θα αλλάξει τον σύγχρονο κόσμο.

Ο αστυνόμος Τάκης Ραΐσης αναλαμβάνει την υπόθεση επιστρατεύοντας τον ξεναγό Άντι Κάλφα, γιο διάσημου αρχαιολόγου που έχει εξαφανιστεί μυστηριωδώς πριν από δώδεκα χρόνια. Για την ίδια υπόθεση όμως έχει ήδη προσεγγίσει τον Κάλφα η ιδιωτική ερευνήτρια Μελίνα Βιτάλη. Μαζί πρέπει να φτάσουν στην αλήθεια λύνοντας μια σειρά από γρίφους που κάποιος αφήνει γι’ αυτούς σε σημαντικά μνημεία της αρχαιότητας.

Η αλήθεια όμως μπορεί να γκρεμίσει κόσμους. Ακόμα και τον κόσμο των θεών. Ο Φάκελος «Υπό Σκιάν» έχει μόλις ανοίξει. Και από την έκβασή του εξαρτάται το μέλλον της ανθρωπότητας.