Μπορεί ο τρόπος που σκεπτόταν και δρούσε ο Ιωάννης Καποδίστριας ως Κυβερνήτης της Ελλάδος, ότι όλα σχεδόν έπρεπε να γίνουν από την αρχή ακολουθώντας μια αυστηρά ιεραρχημένη πορεία που άμεσα θα ελεγχόταν από αυτόν, να φαίνεται σήμερα σε μας, που έχουμε τη μεταγενέστερη γνώση, ρεαλιστικός, σε μερικούς ακόμη και ορθός, ιδιαίτερα αν δούμε πώς χειρίστηκαν τα μικρά ή τα μείζονα ζητήματα όσοι διοίκησαν τη χώρα στη συνέχεια. Αλλά δεν πρέπει να αγνοούμε ότι, στα καποδιστριακά χρόνια, ναι μεν σταδιακά είχε λήξει ο ένοπλος αγώνας, όμως το επαναστατικό πνεύμα και οι προσδοκίες που αυτό δημιούργησε ήταν ακόμη έντονες, όσο ανεδαφικές κι αν ήσαν κάποιες από αυτές. Όσοι αντιπολιτεύτηκαν τον Κυβερνήτη δεν ήταν μόνον εκμεταλλευτές του απλού λαού και όργανα του ξένου παράγοντα, όπως αυτός και οι οπαδοί του τόνιζαν, αλλά πολλοί από αυτούς είχαν οραματιστεί μια άλλη μετεπαναστατική κοινωνία, φιλελεύθερη, στο σχεδιασμό της οποίας ήλπιζαν ότι θα συμμετείχαν ενεργά. Δεν μπορούσαν επομένως να ανεχθούν το αυταρχικό και αυστηρά ιεραρχημένο καποδιστριακό πρότυπο οργάνωσης του νέου κράτους.
Αν όμως επικεντρωθούμε μόνο στις πράγματι συντηρητικές πολιτικές επιλογές του Καποδίστρια και δεν δούμε το σημαντικό έργο που επιτέλεσε ή προσπάθησε να επιτελέσει για την οργάνωση της Ελληνικής Πολιτείας, θα δίναμε μια μερική εικόνα μιας σύνθετης πραγματικότητας. Η εικόνα αυτή θα ήταν ακόμη περισσότερο ελλιπής αν δεν βλέπαμε τα κίνητρα και τις πρακτικές αυτών που δεν συμφώνησαν μαζί του, τον αντιπολιτεύτηκαν και κάποιοι τον δολοφόνησαν. Όσοι, για διάφορους λόγους, τον αντιπολιτεύτηκαν δεν δίστασαν, για να εξασφαλίσουν την απομάκρυνσή του από την εξουσία, να δεχθούν αδιαμαρτύρητα τις όποιες αποφάσεις των Δυνάμεων, να βοηθήσουν τη συνεχή αγγλική προσπάθεια για την υπονόμευση του Κυβερνήτη, να καταφύγουν σε αστήρικτες κατηγορίες και σε συκοφαντίες. Η δολοφονία ανακούφισε μεν όσους φοβούνταν μια οποιασδήποτε μορφής παράταση της εξουσίας του Καποδίστρια, αλλά βύθισε τη χώρα στον εμφύλιο πόλεμο και την ανυποληψία, την οποία ενδεχομένως μόνον αυτός είχε ακόμη τη δυνατότητα, προβαίνοντας σε κάποιες υποχωρήσεις, να αποτρέψει.