Ρώμη, αυγή του 17ου αιώνα. Σε μια δραματική σύγκρουση με την Εκκλησία, η σύγχρονη επιστήμη αγωνίζεται για να στερεωθεί, πληρώνοντας για τίμημα διώξεις και καταδίκες, συχνά ακόμα και σε θάνατο. Η Ιερά Εξέταση καίγεται να καταπνίξει την ανεξέλεγκτη επανάσταση. Και εξαπολύει τους στρατιώτες της για να συλλάβουν επ' αυτοφώρω και να περάσουν από δίκη όσους μελετούν το σύμπαν και τη φύση, τολμώντας να θέσουν εν αμφιβόλω τους θείους νόμους.

Στο ανάκτορο του πρίγκιπα Φεντερίκο Τσέζι, νεαρού και φωτισμένου μαικήνα, λαμβάνουν χώρα οι συγκεντρώσεις της Ακαδημίας των Λυγκών. Ανάμεσα στους μυημένους είναι επιστήμονες όπως ο Γαλιλαίος, ο οποίος εξετάζει τον ουρανό με την «επικίνδυνη» εφεύρεσή του, το τηλεσκόπιο, και ο Γερμανός γιατρός Γιόχαν Σρεκ, άλλως Τερέντιος, ο οποίος πραγματοποιεί ανατομικές έρευνες σε πτώματα, αυστηρά απαγορευμένες την εποχή εκείνη. Ουδείς επιθυμεί να αποδεχθεί τις αλήθειες που επιβάλλονται με δογματικό τρόπο από την Εκκλησία. Όλοι θέλουν να τις περάσουν από τη βάσανο της λογικής και της εμπειρίας.

Ο κίνδυνος, όμως, ενεδρεύει. Έτσι, όταν οι ανατομικές έρευνες του Γιόχαν Σρεκ τον φέρνουν προ των πυλών της Ιεράς Εξέτασης, ο Γερμανός γιατρός αποφασίζει να γίνει ιησουίτης προκειμένου να μεταβεί ως ιεραπόστολος στη μακρινή Κίνα. Οι φήμες θέλουν αυτή την άγνωστη χώρα να τιμά την επιστήμη και τους ανθρώπους της. Έτσι, ξεκινάει το περιπετειώδες ταξίδι του, στον προορισμό του οποίου θα επιχειρήσει να παντρέψει τη δυτική και την ανατολική επιστημονική γνώση.